Музей Мирового океана ежегодно в преддверии Всемирного Дня моря проводит экологическую акцию «За чистую Балтику». Целями этой акции являются привлечение внимания общественности, в особенности детей и молодёжи, к вопросам экологии и охране Балтийского моря и его побережья, популяризация экологических знаний, воспитание бережного отношения к природе моря и его обитателям.